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先心病确切的致病因素还不很清楚，但专家普遍认为，母亲怀孕期间，尤其是怀孕头三个月内暴露于一些不良因素与先心病的发病有密切关系，这些不良因素包括：病毒感染、接触放射线、吸烟、酗酒、服用某些药物，如：安眠药、抗癌药和治疗糖尿病的药物，怀孕妈妈患代谢性疾病，如：糖尿病、高钙血症和苯丙酮尿症等，营养物质如叶酸等缺乏以及患有引起子宫和胎盘缺氧的慢性疾病等。而新近观点认为，怀孕前3至6个月暴露于这些因素也可能增加先心病发病风险。近几年来，科学家发现，遗传因素在先心病发生过程中也扮演着重要角色。研究显示，如果直系亲属患先心病，胎儿患先心病的危险性增加5至6倍。
